游戏的故事发生在很久很久以前的某座岛上，诸神与魔族之间曾在那里发动过战争。在战争的最后，诸神在地底深处展开了结界，将魔族封印起来，从而结束了这场战争，但诸神也因这场战争受到了很大的损伤。其后，不知封印何时会解开的诸神将仅存的力量分给了勇者，然后埋下了一颗能够帮助勇者的树之种子，并留下一名少女监视。经过了数千年的时光飞逝，人们认为这和平的时代会永远的持续下去，某天，对魔界结界产生反应的种子发芽了，察觉到封印即将解开，少女召唤了一名勇者来到岛上…
《封印勇者！玛恩岛与空之迷宫》结合了卡牌收集与扫雷玩法等要素，再加上 RPG 养成要素，使得游戏相当耐玩。除了??可以在迷宫关卡中探索并封印魔像，玩家还可以建设自己的村庄，并强化村内的各项设施。此外，玩家还有可能在攻略关卡的过程中获得「魔像之泪」，从而灌溉「生命之树」，取得稀有的宝物。
