奇遇系统是游戏中的的核心环节，每个玩家基本上每天的任务都要在奇遇里面完成。里面有“一乐拉面”，每个队员在历练的过程中都需要去大娘那边吃上一碗拉面，历练需要消耗体力值，拉面能恢复体力值；“密境探宝”中，玩家可以抽取不同的各种游戏资源；“佩恩来袭”中玩家可以一起攻击佩恩六道，攻击时间为每天的12：30准时开启，最终击杀者有相印的奖励；“许愿星”玩家可以每天免费许愿一次，可得到高级忍者碎片；“高手指点”中玩家可以得到更多的游戏经验和游戏币；“妙木山寻宝”玩家可以累积寻宝天数，末尾可以得到各种忍术秘籍和装备。
