主基地有几项功能：研究室、工厂、兵营、局势分析室等。在研究室玩家可以命令美女主管研究新种武器或者外星人材料，用来丰富自己的武器库和兵库。在工厂玩家可以命令一个“地中海”主管建造科技设施来把研究室的工作付诸实践。而这些工作都会消耗一定的天数，也就是有一定的工期。在兵营中，玩家可以查看自己训练的战士的能力，给他们装备不同的武器、防具，甚至可以改变他们的形象，使每一个士兵都独具特色，当然你还可以给他们训练不同的特技。而在局势分析室玩家可以在全球范围内搜索任务来完成。基本上主基地的玩法就是我们常见的养成玩法，养成的要素也非常丰富，非常值得探索。
