游戏玩法与传统九宫格玩法一样，在方格盘中留有一个空格，其他方块通过空格实现移动。但是在《雨滴方块》中，玩家不需要再统筹全局，而是只需要根据任务提示，把两个相同的方块凑在一起就可以完成任务了。游戏中有时间设定，在时间条走完时统计得分。游戏中除了有加减时间的道具外，还增加了一些难度上的挑战，诸如被锁住的方块不能移动，被冰冻的方块点击三次才能解冻，还有沾满泥污的方块会让全场方块被泥巴封住，而这些“烦人”的随机事件都可以用另一个正常的方块来搭救，大大增加了游戏的趣味性。
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