IOS版的拳皇98基本沿用了97的设计架构。格斗依然是虚拟摇杆与虚拟按键相结合来进行操控。虚拟按键除了传统的ABCD 4键外还添加了组合键“AB”(翻滚回避)和“CD”(吹飞攻击)，玩家可以自主选择使用四键还是六键。而摇杆与按键的位置和大小也可以任意调整，这也使玩家能够在舒适度最高的布局环境中展开战斗。
然而操控性差的问题还是没能改善，习惯了实体摇杆摁键的玩家初上手就会发现自己打出一套熟悉的连续技是多不容易了。像下前A、下后A这样的必杀技熟悉一下还是可以基本释放无误的，可是相对复杂的超必杀技就是两码事了，像龙虎乱舞、铁球大暴走这样的招数小编的成功率只有五分之一。游戏对于SP键的设置多少是考虑到操作的不便，提供一个玩家简易释放必杀技的方法，然而即使如此，摇杆的复位问题也往往让操作与实际效果南辕北辙。小编建议没经验的玩家最好在新增的训练模式中提前练习一番。
纵观广大粉丝对拳皇98的吐槽来看，围绕的点无非是操控性差、价格小贵与对炒冷饭的不屑，然而一位玩家“满满的都是回忆”的评价还是赢得绝大多数人的赞同。无论游戏的移植多么不尽如人意，KOF的名号始终能唤起共鸣，这也正是经典之作的魅力所在吧。
