操作方面可以算是该作少有的几处短板之一，滑动触摸带来的快感远没有虚拟摇杆酣畅淋漓。在游戏中，玩家需要通过点击屏幕来进行普通攻击和连续技的释放，通过左右滑动屏幕来实现后撤或突袭，而长按屏幕则能够进行防御或重击。玩家在攻击与被攻击时均可以积蓄能量，当能量槽充满后便可以释放必杀技。
由于缺少了虚拟摇杆和按键的支持，《漫威英雄格斗赛》在操作上显得过于单薄，尽管操作方式并不少，但招式连接的表现有些死板。而从招式本身来看，很多英雄共用了一套模版，除了必杀技有所区分外，其他招式并无两样，如此做法未免有点太过敷衍。从格斗游戏玩家的角度去看，《漫威英雄格斗赛》也许只是一款尚且够格的泛泛之作。
但是，操作上的不足并不能够完全影响整体的质量，精细的人物建模、多变的场景设计、丰富的游戏内容，这些闪光点依旧是该作的魅力所在。更何况，将大家耳熟能详的漫威超级英雄搬到同一个战场去战斗，仅是这一点就足够令人欢呼了。在漫威粉甚至普通玩家眼中，这无疑可以算是一次极大的馈赠。
