也许是因为“秦时明月”前面出来太多种类的游戏了，所以这次“秦2”的策划做了个神奇的决定，跳过前面的内容。直接从秦时明月的第四部开始：在经历了交待背景的引导关卡后，游戏剧情从盗跖、大铁锤抢夺黑龙卷轴开始，在历经桑海城中诸方势力的明争暗斗，以动画版第四部最后一集的剧情进行了收尾。这也导致目前游戏主线只有短短十五个大关卡而已。
虽然采取了“达到一定等级方能开启新关卡”这样的措施，并且划分普通、精英、宗师三重难度、来拖缓进度以防止玩家游戏内容过快。但实际上这依然是卡牌游戏常用的卡本来刺激消费的手段，毕竟对于游戏大R来说，这完全不是问题，他们依然能迅速的将主线清理完毕，然后，好像现在没然后了。
