《轩辕剑3天之痕》的故事,发生在轩辕剑3之前一百五十年前的中国,时代是中国的隋朝。陈国遗民悲痛祖国亡灭,兴兵反抗,意图复兴故国。隋文帝立即下令平乱,然而让陈国反抗军讶异的是:朝廷的平乱部队为首之人,竟是一位年仅十岁之少年,以一把神秘的轩辕剑,一击之间便将数万陈国反抗军马一瞬消灭殆尽。十六年后的隋炀帝时代,男主角陈靖仇奉师父之命,踏上寻找传说中五样中原上古神器之旅。一场艰辛的复国之旅,就此展开。