另外，游戏也赋予了角色一些特殊的能力，如自动学习魔法、装备附加、觉醒变身等等。不过说实话，由于《最终幻想》系列游戏角色众多，因此所有角色的故事从本质上看都有些雷同，相信除了那些铁杆粉丝之外，对于普通玩家来说，如果每个角色的故事都要玩上一遍，再加上偏高的遇敌率，走不了几步就会进入战斗，似乎会有些过于重复和乏味。
在游戏系统设定方面，由于是《最终幻想4》的续作，因此在机制上两者并没有明显的区别，非常接近于传统的RPG游戏，包括魔法自动学习、自动攻击等。另外在战斗操作中也没有太大的变化，只是针对移动玩家的触摸屏幕进行了些许微调，将战斗指令进行简化，对对付一些弱小的敌人时只需要通过自动战斗系统就可以顺利过关。值得一提的是，游戏的移动操作并没有固定的虚拟按键，拖动屏幕任意一处都能实现八个方向的人物移动，这一设定让玩家在操作过程中能更流畅自如、得心应手。
