《刀塔帝国》游戏最具有特色的地方,就是自由搭配阵型的战斗方式。结合九宫格设定,在游戏战斗之处玩家便需要考虑所有参战角色的站位摆放。英雄角色(2*2)会分为,前场肉盾、中场输出、后场辅助3个阶段;士兵(1*1)则分为近战和远程2种(后期随着主城建筑的升级,士兵也会从低级兵种升级为高级兵种)。战斗中,辅助英雄的加血只对英雄角色管用,士兵无法获得加血效果。所有角色以直线前进,首要攻击目标也是当前直线中的敌人。究竟英雄角色与士兵如何搭配,战前摆放位置的策略性就凸现出来。
除了战斗规则的改变之外,游戏还在主界面中添加了一般策略游戏运用的“城市建造”设定。伴随玩家等级提升,游戏会开放各种不同功用的系统,同时某些功能并不是单纯的开放之后就可以完全解锁,高级功能的解锁需要玩家达到更高的要求。