游戏有剧情模式和挑战模式两种选择。剧情模式是大家比较常见的玩法，都是清完场景中的敌人后进入下一场景，并最终挑战关卡BOSS。当完成一个大关卡之后即可解锁挑战模式，我们需要不断地打倒一拨又一波的敌人，敌人的等级也会随之不断提升，极具挑战性。
由于移动设备缺乏实体按键，因此操作没有PC端游戏那么灵活，动作类手游尤其受到考验，《神秘之剑》这一点就做得不错，左侧的虚拟方向键调校得灵敏而准确，右侧的三个主要虚拟按键分别对应“攻击”、“跳跃”和“闪避”。其中“攻击”和“跳跃”都是标准配备、连续点击攻击键就可以简单的使出连击，配合跳跃和方向键便可以衍生出不同的连段。“闪避”按钮的操作对应的则是一个快速后撤的动作，这在同类游戏中并不常见，但也正是本作的亮点之一。面对后期蜂拥而上的敌人时，无脑乱砍显然绝非上上之策，积极地运用“闪避”不仅能让你从混战中脱身，也大大增强了操作感，让战斗乱而有序。
